blog-jours-carence

Les jours de carence : Comment les calculer et les traiter en paie ?

Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail pour maladie, il peut percevoir des indemnités de la Sécurité Sociale après 3 jours de carence. La loi prévoit, quant à elle, un maintien de salaire de l’employeur après 7 jours de carence.

Mais comment calculer ces jours de carence ? Quels sont les cas où la carence ne s’applique pas ? Et comment traiter les jours de carence en paie ?

Dans cet article, nous allons faire le point sur le fonctionnement des jours de carence et leur traitement en paie.

Arrêt de travail : rappel des principes généraux

L'arrêt maladie est un dispositif permettant au salarié de s'absenter lorsqu'il est dans l'incapacité de travailler en raison de problèmes de santé. Selon les cas, l'indemnisation des jours d'arrêt varie, et les modalités d'application peuvent prévoir des jours de carence, c'est-à-dire des jours non indemnisés.

Un arrêt de travail, c'est quoi ?

Un arrêt de travail est une période pendant laquelle un salarié ne peut pas exercer son activité professionnelle en raison d'un problème de santé. On distingue deux types principaux d'arrêts de travail :

Arrêt de travail pour maladie

L'arrêt de travail pour maladie est prescrit par le médecin traitant ou un médecin hospitalier lorsque le salarié est en incapacité temporaire de travail d'origine non professionnelle (exemple : grippe, hospitalisation, etc.).

Arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle

Dans ce cas, l'arrêt de travail ou l'hospitalisation est d'origine professionnelle. Il peut s'agir d'un accident de travail ou de trajet ou encore d'une maladie professionnelle reconnue par la Sécurité Sociale.

Arrêt de travail : comment est-il indemnisé ?

Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail, qu'il s'agisse d'une maladie ou d'un accident d'origine professionnelle ou non, il peut percevoir, sous certaines conditions, des Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS) ainsi qu'un complément de l'employeur et/ou d'un organisme de prévoyance.

Kelio Gestion de paie

Gestion de paie

Optez pour une solution précise, efficace et fiable. Nous vous accompagnons avant, pendant et après l’installation. Avec Kelio, la paie est dans le mille !

Découvrez la paie sans stress ni erreur !

Indemnités journalières de la Sécurité Sociale (IJSS)

Ces indemnités sont versées par la Sécurité Sociale, sous certaines conditions. Elles sont calculées sur la base des salaires bruts rétablis précédant le début de l'arrêt de travail et peuvent être soumises à une période de carence (jours non indemnisés au début de l'arrêt).

Maintien de salaire par l'employeur

En fonction de la convention collective applicable et de l'ancienneté du salarié, l'employeur peut également être dans l'obligation de maintenir tout ou partie du salaire pendant une durée fixée par les textes.

En l'absence de dispositions conventionnelles plus favorables, la loi prévoit, sous certaines conditions, un maintien de salaire après un délai de carence de 7 jours. Après cette période, lorsque le maintien de salaire cesse, un organisme de prévoyance peut prendre le relais pour assurer une partie de l'indemnisation. 

La notion de jours de carence

Niveau rémunération de l'arrêt de travail, les jours de carence sont une période pendant laquelle aucune indemnisation n'est versée au salarié en cas d'arrêt de travail. Ainsi, l’indemnisation, qu’il s’agisse de celle de la Sécurité Sociale ou de l’employeur, débute après cette période de carence.

Jours de carence : Comment les calculer ?

Les jours de carence correspondent à une période non indemnisée en cas d'arrêt de travail, et leur calcul dépend du type d'arrêt et des dispositions légales ou conventionnelles en vigueur dans l'entreprise.

Les jours de carence des IJSS : Quelles sont les règles ?

Pour un arrêt de travail lié à une maladie non professionnelle, la Sécurité Sociale applique un délai de carence de 3 jours. Cela signifie que les trois premiers jours de l'arrêt ne sont pas indemnisés par la Sécurité Sociale, sauf dans certaines situations : 

  • Affectation de longue durée (ALD) : la carence de 3 jours s’applique seulement au 1er arrêt au cours d’une même période de 3 ans.
  • Décès d’un enfant : Lors d’un premier arrêt en cas de décès d’un enfant (ou personne à charge) de moins de 25 ans prescrit dans les 13 semaines suivant le décès.
  • Temps partiel thérapeutique : En cas d’arrêt initial en temps partiel thérapeutique.
  • Interruption spontanée de grossesse (fausse couche) : Lorsque l’arrêt de travail est dû à une fausse couche ayant eu lieu avant la 22ème semaine d’aménorrhée.
  • Interruption médicale de grossesse : En cas d’arrêt maladie faisant suite à une interruption médicale de grossesse. 
  • Victimes d’actes de terrorisme : Lorsque l’arrêt de travail est prescrit suite à un acte de terrorisme 

Par ailleurs, en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, il n'y a pas de délai de carence, et l'indemnisation commence dès le premier jour d'arrêt, soit le lendemain de l’accident ou du dernier jour travaillé en cas de rechute.

Cas particuliers de suppression ou réduction de la carence

Si les jours de carence s’appliquent automatiquement dans de nombreuses situations d’arrêt de travail, il existe plusieurs exceptions prévues par la réglementation. En effet, dans certains cas, cette période non indemnisée est supprimée, réduite ou ne s’applique qu’une seule fois. 

Carence et arrêts successifs : comment ça fonctionne ?

Lorsque plusieurs arrêts de travail se succèdent de manière rapprochée, le délai de carence ne s’applique pas forcément à chaque arrêt. En effet, la Sécurité sociale prévoit une neutralisation du délai de carence si le salarié reprend son poste moins de 48 heures entre deux arrêts pour la même pathologie.

Pourquoi ? Tout simplement pour éviter une succession de jours non indemnisés lorsque les arrêts sont très proches et relèvent d’un même contexte médical. En revanche, si le salarié reprend le travail plus de 48 heures, le compteur repart à zéro : une nouvelle période de carence s’appliquera.

Voici un exemple : un salarié est en arrêt du 1er au 5 janvier. Il reprend le travail les 6 et 7 janvier, avant d’être à nouveau arrêté le 8 janvier pour le même motif. Le délai de carence de 3 jours ne s’appliquera pas une seconde fois puisque la reprise a duré moins de 48h. Il bénéficiera donc des IJSS sans nouvelle carence.

Carence et congé pathologique ou maternité : quelles règles ?

La loi prévoit également des exceptions importantes en matière de maternité : le congé maternité (qu’il soit classique ou anticipé) ouvre droit à une indemnisation immédiate par l’Assurance Maladie, et aucun délai de carence ne s’applique. 
Concernant le congé pathologique prénatal ou postnatal (prescrit par le médecin en cas de grossesse pathologique), il n’est pas soumis à carence. Les indemnités journalières sont versées dès le premier jour.

cette règle vaut également pour les arrêts liés à une interruption médicale de grossesse, une fausse couche ou encore les arrêts de travail liés à une adoption.

Carence et fonction publique : une gestion différente

Dans la fonction publique, il y a des règles de carence spécifiques ! Depuis le 1er janvier 2018, un seul jour de carence s’applique en cas d’arrêt maladie, et ce quelle que soit sa durée. Le premier jour d’arrêt n’est donc pas rémunéré, mais les jours suivants le sont intégralement (sous réserve que l’agent remplisse les conditions d’ouverture de droit).

Attention cependant, ce jour de carence unique ne s’applique pas :

  • en cas d’arrêt lié à une maladie professionnelle ou un accident de service ;
  • pendant le congé maternité, paternité ou adoption ;
  • pour les congés de longue maladie, de longue durée ou pour invalidité.

Arrêts courts, arrêts longs : quels effets sur le traitement de la carence ?

La durée de l’arrêt de travail signifie des conséquences différentes sur la paie, surtout en ce qui concerne l’application des jours de carence, la prise en charge par la prévoyance ainsi que la gestion du maintien employeur.

Pour les arrêts de moins de 3 jours : aucune indemnisation

Lorsqu’un arrêt de travail est inférieur à 3 jours, la Sécurité Sociale n’indemnise pas le salarié. En effet, un délai de carence de 3 jours s’applique systématiquement aux arrêts maladie d’origine non professionnelle. Conséquence directe ? Si l’arrêt dure 1 ou 2 jours, le salarié ne perçoit aucune indemnité journalière de la part de l’Assurance Maladie.

Côté employeur, aucun maintien de salaire légal n’est dû avant le 8e jour d’absence. Ainsi, et sauf disposition conventionnelle plus avantageuse, le salarié peut se retrouver sans aucune rémunération pour ces jours d’absence.

certaines conventions collectives prévoient la suppression ou la réduction de la carence employeur, voire un maintien dès le premier jour. Par exemple, c’est le cas dans certains accords du secteur bancaire, du transport ou de la métallurgie.

En cas d’arrêt de plus de 30 jours : quelles conséquences ?

Quand un arrêt se prolonge au-delà de 30 jours, vous devez anticiper plusieurs éléments sur le plan de la paie :

  • Prolongation des IJSS : la Sécurité Sociale continue de verser les indemnités journalières, sous réserve du respect des conditions de durée et de renouvellement de l’arrêt. Ces IJSS peuvent être versées jusqu’à 360 jours sur 3 ans, voire plus en cas d'affection de longue durée (ALD).
  • Maintien de salaire employeur : selon l’ancienneté du salarié et les règles du Code du travail (ou de la convention collective), le maintien de salaire est progressif. 90 % du salaire pendant les 30 premiers jours, puis 66,66 % les 30 jours suivants (après un an d’ancienneté), avec un allongement possible après 5 ans, 10 ans, etc.
  • Relais par la prévoyance : à partir d’une certaine durée (souvent 30, 60 ou 90 jours d’arrêt), un contrat de prévoyance peut prendre le relais pour compléter les IJSS.

Petit arrêt sur la subrogation des IJSS 

Lorsqu’il maintient tout ou partie de sa rémunération pendant un arrêt de travail, la subrogation permet à l’employeur de percevoir directement les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) à la place du salarié. L’entreprise reverse ensuite au salarié son salaire habituel, sans attendre le versement des IJSS. Le salairé n’a ainsi pas à avancer des frais en attendant l’indemnisation de la CPAM.

Comment bénéficier de la subrogation ? L’employeur doit en faire la demande sur l’attestation de salaire transmise à la Sécurité sociale. Attention, car il faut alors une certaine rigueur dans le traitement de paie ! Parmi les erreurs fréquentes :

  • l’intégration des IJSS en brut au lieu du net ;
  • l’oubli de neutraliser les jours de carence ;
  • le risque de double indemnisation.

Bien calculer les jours de carence du maintien employeur

Pour le maintien de salaire par l'employeur, le délai de carence est de 7 jours en l'absence de dispositions conventionnelles plus favorables. Cela signifie que l'employeur a l’obligation, si le salarié remplit les conditions, de maintenir la rémunération du salarié après le 8ème jour d’arrêt de travail. Cette règle vaut aussi bien pour les arrêts maladie « classiques » que pour les arrêts d’origine professionnelle. 

Indemnité de prévoyance : À partir de quelle date ?

Lorsque le maintien de salaire par l'employeur cesse ou à partir d’un nombre de jours de carence définis dans le contrat, un organisme de prévoyance peut verser une indemnité complémentaire aux IJSS au salarié. 

Un exemple concret pour bien comprendre

Un salarié est en arrêt de travail pour maladie du 15 au 31 octobre. Il peut prétendre aux IJSS et l’employeur maintient sa rémunération brute selon les dispositions légales. 

Il percevra donc des IJSS du 18 au 31 octobre et l’employeur complétera sa rémunération brute à hauteur de 90% du 22 au 31 octobre. 

blog-centre-jours-carence

La gestion en paie des jours de carence

Bien calculer les jours de carence est essentiel pour une bonne gestion des arrêts de travail. Ainsi, les IJSS doivent être intégrées correctement en paie afin de bien calculer l’indemnité complémentaire employeur.

Le traitement en paie des IJSS

Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail et bénéficie d'un maintien de salaire de la part de son employeur, ce dernier calcule l'indemnité complémentaire en déduction des IJSS.

Voici le mécanisme en paie :

Salaire de base - Retenue maladie + Indemnité maladie - Retenue IJSS = Salaire brut du salarié 

Si l'employeur a demandé la subrogation dans la perception des IJSS, les IJSS nettes sont reversées au salarié après déduction des cotisations sociales. Par ailleurs, si le maintien de salaire est net, il est appliqué une retenue supplémentaire appelée généralement « garantie du net » ou « ajustement du net ».

Ainsi, l'importance de bien calculer les jours de carence prend tout son sens car l'indemnité complémentaire de l'employeur va dépendre directement du montant des IJSS passés en paie.

Régulariser les jours de carence des IJSS en paie

Dans certains cas, et notamment lorsque le traitement en paie de l'absence est opéré avant la réception des décomptes IJSS, le montant des IJSS est erroné car le délai de carence de 3 jours n'est pas applicable. C'est le cas par exemple lorsque l'arrêt de travail est dû à une ALD dans la mesure où l'employeur ne dispose pas des informations concernant la situation médicale du salarié. Dans ce cas, il est nécessaire de procéder à une régularisation sur la paie suivante.

Exemple :

Un salarié est en arrêt de travail du 8 au 14 janvier en raison d’une ALD, il n’y a donc pas de jours de carence. L’employeur n’avait pas cette information lors de la paie de janvier, il a ainsi appliqué 3 jours de carence. L’employeur maintient sa rémunération brute à 90% à compter du 1er jour d’arrêt conformément à des dispositions conventionnelles.

Paie de janvier : 

Éléments de paieMontants (euros)
Salaire de base2000
Retenue maladie-400 (pour 7 jours de maladie)
Indemnité maladie+360 (pour 7 jours de maladie)
Retenue IJSS-160 (pour 4 jours d'IJSS, avec 3 jours de carence)

Paie de février :

Éléments de paieMontants (euros)
Salaire de base2000
Régularisation IJSS-120 (pour les 3 jours de carence non déduits en paie sur janvier)

Vous recherchez une solution de gestion de la paie ? Découvrez le logiciel 123Paie pour une paie sereine et conforme.

découvrez gratuitement la solution 123Paie

Articles de blog similaires

Les actualités Paie de février 2026
Blog

Les actualités Paie de février 2026

La loi de finances pour 2026 et la jurisprudence récente apportent plusieurs évolutions en matière de paie. Prise en cha...

Les actualités Paie de janvier 2026
Blog

Les actualités Paie de janvier 2026

Plusieurs évolutions réglementaires entrent en vigueur dès ce mois de janvier. Nouvelle formule de réduction générale de...

blog-changer-de-logiciel-de-paie
Blog

Changer de logiciel de paie : 10 conseils pour une migration réussie !

Et si changer de logiciel de paie devenait une vraie opportunité ? Nous savons que la migration d’un logiciel de paie n’...