Les actualités Paie de septembre 2026

Les actus paie de septembre 2026
8 minutes de lecture

Du nouveau au BOSS, des arbitrages sur la prime transport et des tours de vis sur les arrêts de travail... Le programme paie du mois est particulièrement bien rempli ! On vous résume tout ce qu'il faut retenir : du calcul de l'assiette minimale aux durées d'indemnisation des AT/MP, en passant par les nouvelles durées de prescription médicale. Un condensé 100 % utile pour rester conforme sans y passer la journée. C'est parti !

Résumé

La rentrée apporte son lot d’évolutions en matière de paie. Cet article fait le point sur les principales actualités à retenir en septembre 2026.

  • Le BOSS précise les modalités de calcul de l’assiette minimale des cotisations, notamment pour les salariés en forfait jours et en cas de DFS.
  • Le plafond d’exonération de la prime carburant est doublé jusqu’à 600 € en 2026, avec des règles d’éligibilité assouplies.
  • La durée des prescriptions d’arrêt maladie est désormais plafonnée, tandis que les IJSS versées en cas d’AT/MP seront limitées à 4 ans à compter de 2027.

Assiette minimale de cotisations : ce qui change avec la mise à jour du BOSS

Dans une mise à jour publiée le 24 juillet 2026, la Direction de la sécurité sociale a complété la rubrique « Assiette générale » du Bulletin officiel de la sécurité sociale (BOSS) avec une nouvelle partie détaillant les modalités de calcul de l’assiette minimale des cotisations sociales, c’est-à-dire le montant minimum sur lequel l’employeur est tenu d’acquitter les cotisations de sécurité sociale.

Outre le rappel de règles déjà connues sur lesquelles nous ne reviendrons pas, des précisions nouvelles ont été données sur l’assiette minimale pour les salariés en forfait annuel en jours et en cas d’application d’une déduction forfaitaire spécifiques pour frais professionnels. Ces dispositions seront opposables le 1er août 2026.

Forfait jours : quelles formules appliquer pour calculer l'assiette minimale ?

Pour les salariés titulaires d’une convention de forfait en jours et lorsque l’employeur dispose du décompte des jours travaillés sur le mois, il est admis de se baser sur la notion de jours travaillés en appliquant la formule suivante :

(SMIC horaire ou salaire minimum conventionnel horaire × 7 × nombre de jours travaillés) + indemnités et/ou primes et/ou majorations s'ajoutant au salaire minimum en vertu d'une disposition législative, réglementaire ou conventionnelle.

Sinon, dans les autres cas, la formule suivante est appliquée :

SMIC ou salaire minimum conventionnel mensuel plein ou proratisé + indemnités et/ou primes et/ou majorations s'ajoutant au salaire minimum en vertu d'une disposition législative, réglementaire ou conventionnelle.

Dans cette dernière formule, le salaire minimum conventionnel est proratisé lorsque le forfait jour est inférieur à 218 jours ou à la durée équivalente à un temps plein fixée par une convention ou un accord collectif de travail.

Déduction forfaitaire spécifique (DFS) pour frais professionnels : le respect du plancher légal de cotisations

L'application d’une déduction forfaitaire spécifique (DFS) pour frais professionnels ne peut pas avoir pour effet de ramener la base des cotisations à un montant inférieur à celui de l’assiette minimale légale, c’est-à-dire au montant du SMIC majoré des indemnités, primes ou majorations s’y ajoutant en vertu des seules dispositions légales ou règlementaires.

Par conséquent, les éléments de rémunération de nature conventionnelle n’ont pas à être pris en compte pour déterminer le respect de la base minimale des cotisations. Le BOSS confirme ainsi une règle figurant jusqu'à présent dans sa rubrique « Frais professionnels ».

Exemple 

Un salarié, qui exerce à temps plein dans une entreprise non couverte par une convention collective, relève d’une profession éligible à l’application d’une DFS de 10 %.

En août 2026, le salarié perçoit 1 890 € bruts ainsi que 100 € au titre de remboursement de frais professionnels pour ses 151,67 heures de travail.

Si l’employeur applique la DFS, l’assiette des cotisations sera de 1 791 €, soit (1890 + 100) × 90%.

Or, l’assiette minimale applicable dans ce cas est fixée d’après le montant du SMIC légal, à savoir 12,31 € de l’heure.

Ainsi, pour ce mois-ci l’employeur est tenu de cotiser sur 1 867,02 € (12,31€ x 151,67).

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Prime carburant 2026 : doublement du plafond et assouplissement des règles

Cadre général : fonctionnement et exonérations de la prime transport

Les employeurs qui le souhaitent peuvent mettre en place et verser une prime «transport » à leurs salariés pour prendre en charge tout ou partie des frais de carburant (essence, diesel) ou des frais d’alimentation d'un véhicule électrique, hybride rechargeable ou à hydrogène qu'ils engagent pour leurs déplacements entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail 

La prime « transport » est exonérée d’impôt sur le revenu et de toutes les cotisations et contributions d’origine légale ou conventionnelle rendues obligatoires par la loi, dans la limite de 600 € par an et par salarié, dont 300 € au maximum au titre des frais de carburant. 

Seuls les salariés contraints d’utiliser leur véhicule pour aller au travail peuvent y prétendre. Les salariés concernés sont donc ceux :

  • dont la résidence habituelle ou le lieu de travail est situé dans une commune non desservie par un service public de transport collectif régulier ou un service privé mis en place par l'employeur, ou bien n'est pas inclus dans le périmètre d'un plan de mobilité obligatoire ;
  • ou dont les horaires de travail ne leur permettent pas d’utiliser les transports en commun.

Nouveautés 2026 : plafond doublé et règles assouplies

Afin de soutenir les salariés confrontés à la hausse des prix des carburants, le Gouvernement avait annoncé fin mai qu’il ferait évoluer le régime social du volet « carburant » de la prime transport pour doubler le plafond d’exonération sur 2026 et rendre davantage de salariés éligibles au dispositif. Le BOSS intègre cette annonce dans une actualité du 6 août 2026.

Limite d’exonération

Elle passe de 300 à 600 € par an et par salarié, pour les primes carburant versées jusqu’au 31 décembre 2026.

Salariés bénéficiaires

Seront suspendues jusqu’à la fin de l’année 2026 les conditions actuelles de versement de la prime à savoir, d’une part, l’absence de solutions de transport en commun et, d’autre part, le principe de non-cumul avec la prise en charge partielle par l’employeur du prix des titres d’abonnements souscrits par ses salariés.

Modalités d’application en 2026

Les textes juridiques nécessaires n’étant pas encore parus, le BOSS admet, par tolérance, que les employeurs aient pu anticiper ces modifications dans leurs déclarations au titre de l’année 2026.

Arrêts maladie : la durée des prescriptions désormais plafonnée

Durée des arrêts de travail : plafonnement initial, prolongations et dérogations

La loi de financement de la Sécurité Sociale pour 2026 avait prévu qu’à partir du 1er septembre 2026, la prescription initiale ou le renouvellement d’un arrêt de travail pour maladie par les médecins, les sage-femmes ou les chirurgiens-dentistes sera limitée à une durée qui restait à fixer par décret, qu’il s’agisse de prescriptions en médecine de ville ou à l’hôpital. 

Un décret du 12 juin 2026 fixe ce plafond à : 

  • 31 jours pour une première prescription 
  • 62 jours pour une prolongation 

Cela ne signifie pas que la durée d’un arrêt de travail ne peut excéder 93 jours (31 jours d’arrêt initial + 62 jours de prolongation) car les professionnels de santé peuvent ensuite ajouter des prolongations d’arrêt par fraction de 62 jours maximum.

Dérogation à cette nouvelle règle de plafonnement

Les professionnels de santé concernés pourront déroger à la durée maximale de primo-prescription ou de renouvellement en justifiant, sur la prescription, de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient (pathologie particulière et/ou nature de son activité professionnelle) en considération, lorsqu'elles existent, des recommandations établies par la Haute autorité de santé

Prolongation longue durée : consultation de l'Assurance maladie dès 3 mois

La LFSS 2026 avait aussi prévu que pour tout renouvellement d’arrêt de travail d’une durée supérieure à une durée qui restait à fixer par décret, le prescripteur (médecin, sage-femme, chirurgien-dentiste) pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance maladie. 

Cette durée est fixée à 3 mois à compter du 1er septembre 2026.

IJSS AT/MP : le versement désormais plafonné dans le temps

Indemnisation AT/MP : les règles applicables jusqu'ici

Jusqu’à présent les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) pour accident du travail (AT) ou maladie professionnelle (MP) étaient dues à partir du premier jour qui suit l'arrêt du travail consécutif à l'accident du travail ou à la maladie professionnelle et pendant toute la période d'incapacité de travail qui précède soit la guérison complète, soit la consolidation de la blessure ou le décès ainsi que dans le cas d'une rechute ou d'une aggravation.

Par conséquent, le versement des IJSS AT/MP n’était pas limité dans le temps, contrairement à celui des IJSS maladie.

Plafond de 4 ans dès 2027 : les nouvelles règles d'indemnisation

Le décret du 12 juin a fixé à 4 ans la durée maximale pendant laquelle l’IJ pourra être versée à une victime d’AT/MP. Cette nouvelle règle s’appliquera pour les victimes dont le sinistre interviendra à compter du 1er janvier 2027. Dans le cas d’une interruption suivie d’une reprise du travail, cette période de 4 ans pourra à nouveau courir si la reprise du travail a duré au minimum 1 an.

Par conséquent, le paiement des IJSS AT/MP sera effectué : 

  • Jusqu’à la guérison complète ou la consolidation de la blessure ou le décès mais dans la limite de la durée maximale de versement de 4 ans, au terme de laquelle l’incapacité est réputée permanente
  • En cas de rechute ou d’une aggravation 

Salariés placés en temps partiel thérapeutique

Par dérogation, la durée maximale de versement des IJSS AT/MP ne leur sera pas applicable.

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David Verhaegen

David Verhaegen

Avec près de 30 ans d'expérience en paie, en cabinet comptable et en entreprise, David Verhaegen en maîtrise autant les aspects organisationnels que réglementaires. Chez Kelio depuis 2019, il occupe le poste de chef de produit paie.