Comment mieux gérer les absences indemnisées par la Sécurité Sociale en paie ?

Arrêts de travail et congés indemnisés par la Sécurité Sociale : Comment ça marche ?

La gestion des arrêts de travail et congés légaux représente une part importante et chronophage du métier de gestionnaire de paie. Ainsi, il est crucial de bien maitriser les règles de gestion pour éviter les erreurs et gagner en efficacité.

Quelles sont les absences indemnisées par la Sécurité Sociale ?

La Sécurité Sociale indemnise plusieurs types d'arrêts, chacun avec ses spécificités :

• Arrêt maladie : En cas de maladie d'origine non professionnelle, d’affection de longue durée (ALD) ou d'hospitalisation du salarié. 
• Accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP) : Lorsque la maladie ou l'accident est en lien avec l'activité du salarié, y compris lors d'un accident sur le trajet domicile-travail.
• Congé maternité : La durée légale est de 16 semaines pour un premier ou deuxième enfant (6 semaines avant, 10 après). Elle est portée à 26 semaines à partir du troisième enfant et peut aller jusqu’à 46 semaines en cas de naissances multiples (triplés ou plus).
• Congé paternité et d’accueil de l’enfant : 25 jours, dont 4 jours à titre obligatoire, ces périodes sont majorées en cas de naissances multiples. 
• Congé d’adoption : En cas d’arrivée d’un ou plusieurs enfants adoptés. La durée du congé varie selon le nombre d’enfants adoptés, la situation familiale du salarié et les conditions de partage entre les deux parents.
• Congé de deuil : Pour le décès d’un enfant ou d'une personne à charge de moins de 25 ans. La durée est fixée à 8 jours et peut être fractionnée en deux périodes maximum. 

Ces absences sont soumises à des conditions d'ouverture de droits et donnent lieu à des indemnités journalières versées par la Sécurité Sociale (IJSS).

Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale : Comment sont-elles calculées ?

Le calcul dépend du type d’arrêt, mais repose sur le salaire journalier de référence (SJR), établi à partir des salaires bruts rétablis des 3 derniers mois (ou du dernier mois pour les IJSS AT/MP). Le salaire rétabli est déclaré tous les mois en DSN dans le bloc rémunération 51 (S21.GOO.51.013). 

Tableau récapitulatif des IJSS maximales en 2025 :

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Les IJSS ne sont pas soumises à cotisations sociales, mais sont soumises à CSG/CRDS sur les revenus de remplacement, soit un taux de 6,70% dont 3,80% déductible de l'impôt sur le revenu.  

Absences "Sécurité Sociale" : Comment les traiter en paie ?

Le traitement en paie des absences indemnisées par la Sécurité Sociale n’est pas chose aisée. Il implique un suivi rigoureux des arrêts de travail, une bonne gestion des IJSS en cas de subrogation, ainsi qu’une vérification minutieuse du maintien de salaire. Il est donc essentiel de bien comprendre les mécanismes en paie associés à ces absences pour éviter erreurs et régularisations. 

Calculer la retenue d’absence

Le salaire est suspendu ou réduit pendant l’absence selon la méthode de décompte appliquée par l’entreprise. Il existe plusieurs méthodes, et leur usage peut avoir un impact significatif sur le montant retenu :

• Méthode des jours réels : consiste à diviser le salaire mensuel par le nombre de jours réellement travaillés dans le mois (ex. : 20, 21 ou 22 jours selon les mois). C’est la méthode la plus précise, souvent utilisée dans les logiciels de paie. C'est par ailleurs la méthode recommandée par la Cour de cassation. 
• Méthode des jours ouvrés moyens : applique une base fixe de 21,67 jours ouvrés par mois, correspondant à une moyenne annuelle. Cette méthode simplifie le calcul, mais peut pénaliser le salarié, notamment lorsque l'absence n'est pas ou partiellement maintenue par l'employeur. 
• Méthode des jours calendaires : prend en compte tous les jours du mois, y compris les week-ends et jours fériés. Cette méthode calque la retenue d'absence avec les décomptes IJSS mais peut s'avérer défavorable au salarié dans certains cas. Elle est donc à privilégier pour les absences entièrement maintenues par l'employeur. 

Cas pratique :

Un salarié est en arrêt maladie du lundi au lundi suivant inclus (soit 6 jours ouvrés et 8 jours calendaires). Le mois concerné comporte 22 jours ouvrés et 30 jours calendaires. Il travaille habituellement du lundi au vendredi et perçoit un salaire brut mensuel de 2 100 €.

Voici les différentes retenues selon la méthode de décompte appliquée :

• Retenue en jours réels = (2 100 / 22) x 6 = 572,72 €
• Retenue en jours moyens = (2 100 / 21,67) x 6 = 581,44 €
• Retenue en jours calendaires : (2 100 / 30) x 8 = 560 €

Nous constatons que dans cet exemple, la méthode la plus favorable au salarié est celle en jours calendaires. 

Les règles de maintien de salaire

Le maintien de salaire en cas d'absence indemnisée par la Sécurité Sociale dépend de plusieurs éléments : l'ancienneté du salarié, la nature de l'absence et les dispositions légales ou conventionnelles applicables. 

Le maintien légal prévu par le Code du travail

En cas de maladie ou d'accident, d'origine professionnelle ou non, l’article L.1226-1 du Code du travail prévoit un maintien partiel de salaire à compter du 8e jour d'absence, sous réserve :

• D’une ancienneté minimale d'un an dans l'entreprise ;
• De la transmission de l'arrêt dans les délais ;
• D’une prise en charge par la Sécurité Sociale.

Le montant du maintien est progressif (90 % du salaire brut les 30 premiers jours, puis 66,66 % les 30 jours suivants) et sa durée dépend de l’ancienneté. Cette indemnisation est réduite des IJSS perçues par le salarié ou par l’employeur dans le cadre de la subrogation.

Par ailleurs, l'article L3142-2 du Code du travail prévoit un maintien de salaire intégral pour le congé de deuil.

Des maintiens conventionnels plus favorable 

Pour les autres congés indemnisés par la Sécurité Sociale (comme le congé maternité, paternité ou d’adoption), la loi ne prévoit pas de maintien obligatoire de la rémunération par l’employeur. Toutefois, certaines conventions collectives peuvent instituer des conditions plus favorables au salarié. Il est donc indispensable de se référer à la convention collective applicable pour déterminer les droits du salarié en matière de maintien de salaire pendant ces congés.

Par ailleurs, concernant les arrêts de travail, de nombreuses conventions collectives prévoient des règles de maintien de salaire plus favorables au salarié.

Absences avec Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale : Le mécanisme en paie

L’absence est retenue sur le bulletin de salaire en fonction du nombre de jours d’absence, selon la méthode de décompte appliquée dans l’entreprise (jours ouvrés réels, moyens, calendaires, etc.). Une fois la retenue d’absence déterminée, le traitement diffère selon le type de maintien pratiqué :

• En absence de maintien de salaire, seule la retenue d’absence est opérée.
• En cas de maintien partiel ou total, l’indemnité versée par l’employeur est calculée après déduction des IJSS perçues ou subrogées.
• Si un maintien du salaire net est prévu par accord ou convention, il convient d’appliquer une retenue complémentaire, généralement appelée "garantie du net" ou "ajustement du net". Cette garantie permet d’éviter que le salarié perçoive un net supérieur à son salaire habituel en raison du régime social des IJSS.

Concrètement, en paie, cela se traduit généralement par :

• Retenue absence : Correspond à la retenue du nombre de jours d'absence, selon la méthode choisie.
• Retenue IJSS : Le montant des indemnités journalières versées ou subrogées correspondant aux nombres de jours retenus en paie, après délai de carence le cas échéant
• Garantie du net : Lorsque qu'il s'agit d'un maintien du salaire net, un ajustement négatif est opéré pour équilibrer le net versé.
• Indemnité d’absence : En fonction des dispositions légales, conventionnelles ou internes à l'entreprise.

Demander la subrogation

La subrogation permet à l’employeur de percevoir les IJSS à la place du salarié lorsque la rémunération est totalement ou partiellement maintenue. Elle doit être demandée lors du signalement "arrêt de travail" en DSN, en précisant la date de début et de fin de subrogation. 

Ce dispositif simplifie la gestion des arrêts de travail pour le gestionnaire qui n'a pas à réclamer les décomptes au salarié, mais implique un suivi rigoureux des versements d’IJSS afin d’éviter les écarts en paie.

Demande de subrogation en DSN : 

Nos conseils pour une meilleure gestion des arrêts de travail et congés légaux

Pour améliorer la gestion des absences indemnisées par la Sécurité sociale, il est important d’utiliser des outils adaptés et de faire preuve de méthodologie. 

Utiliser les outils de suivi des IJSS 

Un suivi rigoureux des IJSS est essentiel pour éviter les oublis, doublons et incohérences entre les montants saisis ou générés automatiquement en paie et ceux réellement perçus. 

Ce suivi peut être réalisé à l’aide d’un tableau de suivi automatisé (tableur) ou, pour une meilleure efficacité, au sein d’un module intégré au logiciel de paie. 

Certaines solutions de paie permettent même de récupérer automatiquement les IJSS directement grâce à une connexion automatisée avec Net-entreprises (mode machine-to-machine). Ce système permet d’éviter la récupération manuelle des décomptes, de fiabiliser les rapprochements entre la paie et les indemnités perçues, et ainsi de gagner en efficacité dans le suivi des IJSS.

Paramétrer correctement les logiciels de paie

Veillez à ce que le logiciel de paie soit correctement paramétré pour prendre en compte les règles de maintien de salaire, de subrogation, de calcul des IJSS, ainsi que les éventuelles dispositions conventionnelles spécifiques à votre secteur. 

Plus le paramétrage est précis et automatisé, moins il y a de risques d’erreurs de calcul ou de régularisations ultérieures.

Intégrer les absences dans un logiciel de GTA

Pour structurer efficacement la gestion des arrêts de travail, il est recommandé d’utiliser un logiciel de gestion des temps et activités (GTA). Celui-ci permet d’automatiser la saisie des demandes d’absence, la validation par les managers, la centralisation des justificatifs, et l’export des données vers le logiciel de paie. Cela limite les erreurs de ressaisie, assure la fiabilité des flux d’information et réduit considérablement les risques d’oubli ou de décalage de traitement en paie.

Communiquer clairement les procédures aux salariés

Au-delà de l’outil, une bonne gestion des absences en paie passe par une communication claire et accessible des règles applicables. Les salariés doivent être informés des délais à respecter, des documents à transmettre, et du canal à utiliser (papier, numérique, SIRH). 

Cette communication peut s’appuyer sur différents supports : une rubrique dédiée sur l’intranet RH, des fiches pratiques remises lors de l’embauche, ou encore un chatbot RH pour répondre aux questions fréquentes. 

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